Το χωριό Άγιος Ιωάννης ο Καμένος βρίσκεται νότια της πόλης του Ρεθύμνου και ανήκει στο δήμο Αγίου Βασιλείου.
Το χωριό βρίσκεται στην είσοδο του φαραγγιού του Κοτσυφού και στους πρόποδες του κατάφυτου Αρμού, σε μια ωραία τοποθεσία, μέσα σε ελαιώνες, αμπέλια και κήπους, σε υψόμετρο 460 μέτρων. Το χωριό δεν υπήρχε πάντα σ’ αυτόν τον χώρο και υπήρχαν οκτώ οικισμοί στην ευρύτερη περιοχή. Οι οικισμοί αυτοί συμπτύχθηκαν γύρω από το χώρο της εκκλησίας του Αγίου Ιωάννη και έκαναν το σημερινό χωριό. Το όνομά του το πήρε κατά μία εκδοχή από την εικόνα του ομώνυμου Αγίου, η οποία βρέθηκε μετά από κάψιμο βάτου, εικόνα που υπάρχει μέχρι σήμερα και στη μία της άκρη είναι καμένη. Η εκκλησία του Αγίου Ιωάννου είχε καεί κατ’ επανάληψη από τους Τούρκους, τους Ενετούς και άλλους κατακτητές και αυτή είναι η δεύτερη εκδοχή για την ονομασία του χωριού. Η περιοχή, μάλιστα, πρέπει να έχει ζωή εκατομμυρίων χρόνων και αυτό το μαρτυρούν τα απολιθώματα κοχυλιών που έχουν βρεθεί κατά καιρούς σε διάφορες περιοχές, αλλά και διάφορα πετρώματα στην περιοχή του φαραγγιού.